Reagenzien für rapidPCR

Neu entwickelte PCR Systeme und speziell rapidPCRs im SpeedCycler² und AlphaSC^®, die zum Teil in 8 Minuten ablaufen, müssen entsprechend optimiert werden, um eine hohe Ausbeute und zusätzlich hochspezifische Amplifikate zu erhalten. Hierfür bietet Analytik Jena ein beispielloses Tool für die einfachste und schnellste Adaption der PCR Bedingungen: das SpeedTaq Optimization Set. Jedes Optimierungsset beinhaltet eine Auswahl an 10 verschiedenen PCR Puffern und eine Polymerase (Standard oder Hot Start), die speziell auf die rapidPCR optimiert ist. Für die bestmögliche Optimierung werden die Puffer mit pH 8 und pH 9 geliefert. Das typische Ausmaß, das nötig ist, um optimale PCR Bedingungen zu finden (Arbeitsaufwand und Komplexität eingeschlossen), kann nun ohne Probleme und ohne Qualitätsverlust auf ein Minimum reduziert werden.

Neu entwickelte PCR Systeme und speziell rapidPCRs im SpeedCycler² und AlphaSC^®, die zum Teil in 8 Minuten ablaufen, müssen entsprechend optimiert werden, um eine hohe Ausbeute und zusätzlich hochspezifische Amplifikate zu erhalten. Hierfür bietet Analytik Jena ein beispielloses Tool für die einfachste und schnellste Adaption der PCR Bedingungen: das SpeedTaq Hot Optimization Set. Jedes Optimierungsset beinhaltet eine Auswahl an 10 verschiedenen PCR Puffern und eine Polymerase (Standard oder Hot Start), die speziell auf die rapidPCR optimiert ist. Für die bestmögliche Optimierung werden die Puffer mit pH 8 und pH 9 geliefert. Das typische Ausmaß, das nötig ist, um optimale PCR Bedingungen zu finden (Arbeitsaufwand und Komplexität eingeschlossen), kann nun ohne Probleme und ohne Qualitätsverlust auf ein Minimum reduziert werden.

Die SpeedTaq DNA Polymerase ist speziell auf extrem schnelle PCR optimiert. Die Elongationszeiten können aufgrund der hohen Amplifikationsgeschwindigkeit von 200 bp/s auf ein Minimum reduziert werden, wodurch sich wiederum die Gesamtlaufzeit der PCR erheblich verkürzt. Die SpeedTaq DNA Polymerase ist ein Gemisch aus einer Taq Polymerase (ultrapure) mit einer zweiten thermostabilen Polymerase. Diese Kombination garantiert äußerste Reinheit, Reproduzierbarkeit und Stabilität. Dementsprechend ist die SpeedTaq DNA Polymerase optimal für Amplifikationen mittels rapidPCR Thermocyclern, wie dem AlphaSC^® oder SpeedCycler² der Analytik Jena, geeignet.

Die SpeedTaq HOT Polymerase ist speziell auf rapidPCR optimiert, bietet jedoch zusätzlich eine verbesserte Spezifität und Sensitivität, wenn low-copy-number Targets in einen komplexen Hintergrund amplifiziert werden sollen oder wenn eine verlängerte Vorbereitung bei Raumtemperatur benötigt wird. Aufgrund der hohen Amplifikationsrate von 200 bp/s kann die Elongationszeit und somit die Gesamtreaktion auf ein Minimum reduziert werden. Die Aktivität der Polymerase ist bei Raumtemperatur inhibiert und wird automatisch während der Heizphase auf die initiale Denaturierung der Probe »angeschalten«. Diese thermische Aktivierung verhindert die Extension unspezifisch angelagerter Primer und die Primer-Dimer Bildung während der geringen Temperaturen der PCR-Vorbereitung. Dadurch ist die Polymerase optimal für die Anwendungen in rapid Thermocyclern, wie dem AlphaSC^® oder dem SpeedCycler²  der Analytik Jena geeignet. Das Enzym besitzt eine magnesiumabhängige 5’ - 3’ Polymeraseaktivität und eine 5’ - 3’ Exonukleaseaktivität, hat aber keine 3’ - 5’ Exonukleaseaktivität.

Die rapidPCR erlaubt vollständige Amplifikationen innerhalb von 8 Minuten. Dies stellt eine enorme Herausforderung für jede Taq Polymerase dar. Für die Optimierung der Taq Funktion in einem rapidPCR Thermocycler wurde eine spezielle Pufferlinie entwickelt. Der Kit enthält eine Auswahl an 10 verschiedenen Puffern, aus welchen der Beste für die jeweilige Anwendung zu ermitteln ist. Der optimale Puffertyp ist anschließend separat erhältlich.

Um die Optimierung so effektiv, wie möglich zu gestalten, sind die verschiedenen Puffertypen mit pH 8 und pH 9 in einem Set enthalten. Die SpeedAmp Puffer enthalten bereits eine optimierte Menge an MgCl₂, so dass keine zusätzliche Zugabe nötig ist. Eine Optimierungsreaktion mit jeweils allen Puffern erlaubt eine schnelle Auswahl der optimalen PCR-Bedingungen für das jeweilige PCR-System. Hinweis: Die Optimierungspuffer enthalten bereits MgCl₂. Jeder SpeedAmp Optimization Buffer Kit enthält 5 verschiedene 10x Puffer pH 8 und 5 verschiedene 10x Puffer pH 9.

Der Speed ready mix ist ein PCR Master Mix, der aus einem für die rapidPCR optimierten Puffer, einer optimalen MgCl₂ Menge und den dNTP’s (dATP, dCTP, dTTP, dGTP) besteht. Daher bietet der Speed ready mix eine vereinfachte und schnellere Präparation eines PCR Ansatzes. Ein höherer Probendurchsatz mittels AlphaSC^® oder SpeedCycler² wird ohne einen Verlust der PCR Qualität und Ausbeute problemlos ermöglicht. Zusätzlich kann der Speed ready mix als passender Puffer/dNTP-Mix auch für Real Time Assays ohne Uracil-DNA Glycosylase genutzt werden. Die zur Verfügung gestellte Menge des Speed ready mixes ist ausreichend für ca. 100 Reaktionen zu je 15 µl oder für ca. 60 Reaktionen
zu je 25 µl.

Der Speed ready mix plus ist ein PCR Master Mix, der aus einem für die rapidPCR optimierten Puffer, einer optimalen MgCl₂ Menge, den dNTP’s (dATP, dCTP, dTTP, dGTP) und einer Taq DNA Polymerase besteht. Daher bietet der Speed ready mix plus eine vereinfachte und schnellere Präparation eines PCR Ansatzes. Ein höherer Probendurchsatz mittels AlphaSC^® oder SpeedCycler² wird ohne einen Verlust der PCR Qualität und Ausbeute problemlos ermöglicht. Zusätzlich kann der Speed ready mix plus als passender Puffer/dNTP-Mix auch für Real Time Assays ohne Uracil-DNA Glycosylase genutzt werden. Die zur Verfügung gestellte Menge des Speed ready mix plus ist ausreichend für ca. 100 Reaktionen zu je 15 µl oder für ca. 60 Reaktionen zu je 25 µl.